In der Frühe des 3. März 1787, nachdem der Beichtvater auf ihren Wunsch hin das Gebet zu Ehren der fünf Wunden Christi gesprochen hatte und die Wunden an ihrem Leib von neuem heftig aufgebrochen waren, gab Columba ihren Geist dem Erlöser zurück. In aller Heimlichkeit wurde sie noch vor Tagesanbruch in der Klosterkirche beigesetzt. Nicht einmal ihre Verwandten durften zugegen sein.
Im Zuge der Säkularisation wurde das Heiliggrab-Kloster 1803/06 aufgehoben, und das Kirchengebäude wurde zweckentfremdet zum Pferdestall. Doch blieb es unter Einbuße seiner Inneneinrichtung erhalten. Im Jahre 1858 übertrug man Columbas Gebeine aus der Klosterkirche auf den städtischen Friedhof. Als die Klosterkirche mit der Neugründung des Konvents im Jahre 1926 wieder eingerichtet wurde, gab man Columbas Gebeine in der Seitenkapelle die Ruhestätte zurück, in welcher bereits die erste Bestattung vorgenommen worden war. Dort wird sie heute verehrt.